Para sessões existentes, você pode exportar o arquivo .reg, substituir todas as ocorrências de cores pelos valores desejados e reimportar o arquivo. Se isso não for "inteligente" o suficiente, você pode tentar substituir diretamente no registro com alguns programas listados aqui link
Para sessões futuras, você pode modificar as configurações da sessão denominada "Configurações padrão" e elas serão herdadas por novas sessões