Como não sou o desenvolvedor do CCleaner, não posso fornecer detalhes exatos sobre como eles podem gerenciar isso, mas, em geral, entradas abaixo:
32 bits:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Shared Tools\MsConfig
64 bits:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Shared Tools\MsConfig
abrigará entradas de inicialização "desativadas".