O arquivo ~/.vimrc contém configurações e personalizações para o Vim, escritas em Vimscript (também conhecidas como Ex-comandos , com base no modo vi em que foram inseridas) . Um shell (como o Bash em execução no seu terminal) não pode entender esses comandos e, portanto, fornece erros. (Da mesma forma, :source ~/.bashrc daria erros no Vim. Você também não fornece outros arquivos RC como ~/.gitconfig ou ~/.mailrc e espera que isso funcione.)
Portanto, embora :source e $ source sejam comandos com o mesmo nome, eles só se aplicam aos contextos correspondentes.