É provável que o cache ao qual você está se referindo esteja causando o problema. Você tem algumas opções que pode tentar, e as informações da estação ainda devem ser armazenadas em com.apple.dock.plist
Depois de fazer as edições no seu .plist, tente:
read /System/Library/LaunchAgents com.apple.dock.plist
Se isso não funcionar, você pode matar o daemon prefs depois de fazer as alterações:
killall -u yourusername cfprefsd
killall Dock