O problema é que seu usuário não possui a pasta. Você pode revisar as permissões de pasta com o seguinte comando (de cmd.exe):
C:\>icacls C:\Users\username\Desktop\folder C:\Users\username\Desktop\folder NT AUTHORITY\SYSTEM:(I)(OI)(CI)(F) BUILTIN\Administrators:(I)(OI)(CI)(F) HOST\username:(I)(OI)(CI)(F) Successfully processed 1 files; Failed processing 0 files
Se a propriedade não parecer correta, você poderá assumir a propriedade e conceder a si mesmo permissão de exclusão:
C:\>takeown /f C:\Users\username\Desktop\folder /r /d y C:\>icacls C:\Users\username\Desktop\folder /grant username:D /t
Depois que seu usuário possuir a pasta e tiver as permissões corretas, você poderá rd /s /q C:\Users\username\Desktop\folder
.