Escolha uma das imagens que tenha bons níveis. Use o script imagemagick histmatch para ajustar os histogramas das outras imagens para que correspondam a essa; ou use bcmatch para ajustar apenas o brilho e o contraste.
Ligue, por exemplo histmatch good_in.bmp ith_in.bmp ith_out.bmp
de dentro de um loop, em qualquer linguagem que você goste: bash, perl, python, ruby, etc.