A maioria dos antivírus (por exemplo, ESET, Norton, BitDefender, etc.) será executada como o usuário do sistema (que poderá acessar qualquer arquivo de qualquer usuário). Na maioria dos casos, o Administrador do grupo (que eu suponho que você é separado) tem menos acesso do que o grupo NT AUTHORITY (em qual sistema está). Para evitar que o Antivirus acesse seus arquivos, você deve também torná-los inacessíveis ao sistema operacional - o que acaba com o propósito, já que o dropbox não terá mais acesso a eles.
Você precisará encontrar o que seu Antivírus não verifica. Por exemplo, alguns Antivírus não examinam mídia removível. Se você puder descobrir se seu Antivírus verifica mídia removível (a maioria não) automaticamente, você poderá criar uma unidade USB virtual para armazenar os arquivos (para evitar que o Antivírus os examine, ao mesmo tempo que permite que o Drop Box os acesse) .