Quando você instala o Ubuntu via Wubi, ele cria um arquivo muito grande para conter todas as coisas do Ubuntu. O arquivo inteiro age como um disco virtual. Ele é baseado no Windows, portanto, se você remover o Windows, o Ubuntu também será removido.
Para ter apenas o Ubuntu no seu computador, você terá que ter uma instalação completa (ao invés do Wubi) do Ubuntu no seu computador.
Você pode ter duas opções: Remover o Wubi e fazer uma instalação limpa do Ubuntu ou Migrar o Wubi para outra partição (o que, em outras palavras, atualizar uma instalação do wubi para uma instalação completa do Ubuntu).
O primeiro é bem simples. Encontre "Ubuntu" no painel "Alterar ou modificar programas do Windows" no Windows. Clique com o botão direito e selecione "Remover". Em seguida, instale o Ubuntu de um CD ou DVD do Ubuntu. Observe que todas as coisas no Wubi serão excluídas.
Se você quiser manter as configurações e arquivos no Wubi, você pode migrar a instalação do Wubi para outra partição. Eu pessoalmente não recomendo isso, já que um passo errado pode tornar seu computador não inicializável. Leia o o guia UbuntuForums ou o Guia Wiki do Ubuntu para as etapas. Depois disso, você pode remover o Windows com Como remover o Ubuntu e colocar o Windows de volta?
E o Wubi pode ser mais lento que uma instalação completa do Ubuntu, porque é baseado no Windows, em vez de ficar por conta própria.