Você tem poucas opções aqui:
- Restaurar a partir do backup.
- Se não houver backup, leve os arquivos necessários para um local seguro (armazenamento em USB / rede) e execute a reinstalação.
Qualquer outra coisa será apenas uma perda de tempo. Sim, você pode possivelmente restaurar as permissões, mas confie em mim - isso vai demorar muito! Reinstale, tenha cuidado no futuro.
Com um comando como esse eu sempre aconselho usar o caminho completo!
Você pode ter problemas com ssh, mta etc. Alguns arquivos de log podem não funcionar corretamente. Existem alguns comandos que exigem permissões especiais. Demais para ter certeza!