A CPU não deve ser um afunilamento a menos que você tenha definido a soma de verificação do SHA256 em seus sistemas de arquivos (ou compactação gzip).
Comece executando "top -SH" e "gstat". Primeiro, você mostrará onde a CPU gasta tempo e o gstat mostrará o que seus discos estão fazendo. Isso deve permitir a você restringir o desempenho - CPU ou discos.
Com o RAIDZ, seu desempenho é limitado pela unidade mais lenta. Tudo o que é necessário é uma unidade fragmentada com poucos setores defeituosos para atrasar o rastreamento, portanto, verifique a saída do gstat para unidades que têm um tempo de resposta excepcionalmente alto.
Em geral, eu recomendaria a atualização para o FreeNAS 9, que é baseado no FreeBSD-9, pois há muitas melhorias do ZFS que não foram incluídas no FreeBSD-8 (e, portanto, no FreeNAS)