Eu faço isso o tempo todo no Windows 7 sem problemas. Tente deixar de fora a instrução "iniciar" e apenas execute o programa no arquivo em lote usando o nome do programa diretamente, por exemplo,
theprogram -option1 -option2
não se esqueça de usar aspas se houver um espaço no nome ou no caminho, por exemplo
"the program" -option1 -option2
Se isso ainda não funcionar, tente executar um arquivo em lote muito simples para verificar se o seu ambiente está sendo carregado corretamente, por exemplo, salve isso como um arquivo em lote e execute-o:
set
pause