Você deve conseguir instalar o arquivo MSI silenciosamente usando o MSIEXEC com os seguintes sinalizadores:
/quiet - quiet mode, no user interaction
/q[n|b|r|f] Sets user interface level
n - No UI
b - Basic UI
r - Reduced UI
f - Full UI (default)
Ou você acabou de criar um instalador que não exibe uma GUI durante a instalação.