É assim que espero que funcione. Você já tentou ver se vai realmente acordar?
Isso é o que parece quando ligo um alarme:
$ sudo bash -c "echo $(date +'%s' -d '20 minutes') > /sys/class/rtc/rtc0/wakealarm"
$ cat /proc/driver/rtc
rtc_time : 13:25:55
rtc_date : 2013-01-07
alrm_time : 19:45:54
alrm_date : 2013-01-07
alarm_IRQ : yes # Alarm is now on
alrm_pending : no
...
E quando eu desligo:
$ sudo bash -c "echo 0 > /sys/class/rtc/rtc0/wakealarm"
$ cat /proc/driver/rtc
rtc_time : 13:28:09
rtc_date : 2013-01-07
alrm_time : 13:33:07
alrm_date : 2013-01-07
alarm_IRQ : no # Alarm is now off
alrm_pending : no
...