Você precisaria editar os scripts individualmente em /usr/lib/byobu/* , se quiser modificar as cores de segundo plano e de primeiro plano.
Como alternativa, você pode adicionar seus próprios scripts de notificação personalizados, com suas próprias opções de cores em ~/.byobu/bin/* . Você pode copiar aqueles que deseja modificar de /usr/lib/byobu/* para ~/.byobu/bin/* e atualizá-los adequadamente.
Veja a manpage, byobu.1 para detalhes sobre como configurar um script de status personalizado.