Usando palavras-chave diferentes ao pesquisar, finalmente consegui esta página no Microsoft Office Fóruns 2010 , que explicou o problema a partir de uma perspectiva do MS Word. Parece que o Skype Click To Call, que aparentemente se instala automaticamente com o Skype, causa esse problema.
Eu o removi e, de repente, tudo funciona como esperado novamente, posso fazer Ctrl-C / V normal em cada programa e o layout do conteúdo complexo permanece como deveria. O MS Excel também está agindo normalmente de novo.