MarcusJuniusBrutus, a ferramenta que você está procurando é chamada rtcwake . Ele permite que você suspenda seu sistema e especifique um horário de ativação específico. Você pode configurar alguns cronjobs, um para colocar a máquina em repouso usando o rtwake para ligá-lo novamente a tempo para o segundo cron.
Encontrei um bom exemplo aqui :
If I wanted my machine to sleep overnight, wake for a short maintenance, go to sleep again and wake early in the morning, I would have four crons running. The first, to synchronize the OS clock with UTC (via ntp). The second, to synchronize hardware clock with UTC. The third, to put the machine to sleep every evening, using rtcwake and specify the exact moment when it should wake up later. The fourth cron would run a few minutes after the machine wakes and do whatever needs to be done. After all the tasks are complete, it would sleep the machine once more and make it wake up in the morning.