A unidade interna não deve se envolver.
Se você copiar de A para B, ele não passará por C. No entanto, ele passará pela memória RAM e talvez pela CPU.
A memória RAM é usada como cache / buffer para acelerar as coisas. (disco rígido interno não é)
Esta resposta é para o Gnu / Linux, mas acho que até mesmo para o sistema operacional com menos problemas ele não envolverá o disco rígido interno.