Existe uma maneira, eu faço isso usando uma única diretiva #If no início de todos os meus scripts (prefixado usando #Include ):
#if (!WinActive("ahk_exe sublime_text.exe") && !WinActive("Tinychat"))
Isso desativa as teclas de atalho em todos os meus scripts se: o processo Texto sublime (executado em qualquer diretório) estiver ativo, ou o Tinychat estiver ativo em qualquer navegador. Você pode alterar / adicionar condições a essa linha para alterar / adicionar os processos / janelas / guias que deseja excluir.