Este foi um bug no emacs. Ele foi corrigido (de acordo com o seu relatório de bug), e a versão 24.2.1 para o Mac funciona como esperado com sinergia para mim.
Eu executo o servidor de sinergia na minha máquina Windows e o cliente no meu Mac. Quando eu usei o emacs23, todas as chaves foram reconhecidas corretamente. Acabei de atualizar para o emacs24 e agora a chave de controle do teclado do Windows não funciona, por exemplo, Ctrl-n ou -f não move o cursor para baixo ou para frente, embora a tecla de controle ainda seja reconhecida fora do emacs.
Outras notas:
UPDATE: abriu um ticket de bug no link
Este foi um bug no emacs. Ele foi corrigido (de acordo com o seu relatório de bug), e a versão 24.2.1 para o Mac funciona como esperado com sinergia para mim.