Eu descobri uma maneira de se conectar à GUI da área de trabalho remota integrada do VirtualBox:
Primeiro, suspenda a máquina usando:
VBoxManage controlvm <vm> savestate
Depois disso, comece o gui por:
VboxManage startvm <vm> --type gui
Gostaria de usar um único comando para se conectar à GUI, mas esses comandos são a melhor solução que encontrei até agora.