Para os interessados, aqui está a regra de makefile real (não consegui fazer as novas linhas funcionarem no original, então usei um comentário para adicionar a documentação):
# 0777 - Enables slurp mode (i.e. $/ = undef; - Slurp mode, read whole file
# $_ = <>; - Read file to $_)
# s/\n{3}//g; - Remove occurrences of \n{3}
# p - Implicitly print result (i.e. print; - Output $_)
output.txt: input.txt
$(SED) -r $(SED_RULE) input.txt | perl -0777 -pe 's/\n{3}//g' > output.txt