Veja o interruptor --update . De man rsync :
-u, --update skip files that are newer on the receiver
EDITAR: -a implica em -rlptgoD , eu não levei isso em conta. Como eu disse nos comentários: nos dê a saída do comando. Isso mostrará se os arquivos foram realmente transferidos ou se apenas foram verificadas as alterações e, em seguida, serão ignoradas.