Eu verificaria algumas coisas.
Um, certifique-se de que todos os arquivos que você deseja confirmar estejam marcados no painel esquerdo. Às vezes, os arquivos não são verificados por padrão por algum motivo estranho.
Em segundo lugar, tente clicar com o botão direito do mouse e confirmar esse arquivo por si só, veja se isso funciona. Se o primeiro passo não funcionou, provavelmente isso também não funcionará, mas vale a pena tentar.
Se nenhum desses trabalhos, quando o Controle de código-fonte para o Xcode for confuso para mim, eu acabar recriando o projeto. Há muitas maneiras de fazer isso, dependendo de como o repo está configurado. Se você tiver um arquivo de projeto inicial confirmado, poderá verificá-lo como um novo projeto e, em seguida, incluir o controlador de visualização novamente.
O controle de código-fonte do Xcode é problemático, mas isso é a Apple para você.