O NTP não ajusta um relógio que está muito fora de sincronia (maior que 1000 segundos por padrão) com o que ele entende que é o horário.
Isso pode ser substituído, emitindo:
sudo ntpd -g
No entanto, o ideal é que você execute isso quando o daemon ntp for iniciado pela primeira vez. Para fazer isso, adicione (ou modifique) a seguinte linha a /etc/default/ntp
NTPD_OPTS='-g'
Isso fará com que o horário seja sincronizado corretamente no momento da inicialização, independentemente de quão longe esteja e, em seguida, o ntp manterá a precisão constante.
Normalmente, o ntp é iniciado no momento da inicialização, mas se você encontrar do ps auwx | grep ntp
que não é, então você pode adicioná-lo como um daemon de inicialização:
sudo update-rc.d ntp defaults