Como os hard links são bastante baratos, você pode torná-los como: (isso fará o hard link de todos os arquivos, e criará o diretório como na fonte)
cp -al source dest
Depois, você pode remover os hardlinks que estão em algum outro local no seu sistema de arquivos. (se um link duplo for um problema) Usando o comando find ligeiramente adaptado que você postou.