Se você estiver usando uma versão recente do VMWare Workstation, Instantâneos você deve escolher primeiro.
Eles correspondem exatamente aos seus requisitos, sendo incrementais, com a capacidade de salvar e restaurar a qualquer momento.
Para backups fora da VM (talvez para um HDD externo), rsnapshot funciona bem. Use este tutorial (compartilhe os arquivos com a máquina host, então faça o backup a partir dessa pasta). Você também pode fazer backups pela rede, caso use um servidor de backup.