Só pelo fato, o atalho para travar sua tela é Ctrl + Alt + L , (pelo menos são as configurações padrão 12.04 ).
A caixinha faz parte do pacote Nautilus e deve destacar rapidamente os itens que correspondem aos seus "itens de pesquisa".
Uma maneira possível de desabilitar essa caixa é realmente desabilitar o gerenciador de arquivos que manipula a área de trabalho. Para desativá-lo, instale o gnome-tweak-tool e desabilite-o de lá.