Is there a way to merge them into one so that I can better track the apps (both desktop and modern UI) that I have opened?
Pressionando Alt + a aba mostrará uma lista de todos os seus aplicativos atualmente em execução, independentemente de serem aplicativos da área de trabalho ou aplicativos modernos de interface do usuário.
Até onde eu sei, não há como fixar um aplicativo Metro na barra de tarefas. Você pode fixar um aplicativo da área de trabalho na tela inicial, mas isso não mostrará se está sendo executado.
Se você deslizar pela esquerda, verá uma lista de todos os seus aplicativos em execução, mas "Área de trabalho" será contabilizada como um único aplicativo, independentemente de quantos aplicativos da área de trabalho você estiver executando. Então eu acho que Alt + Tab é o mais próximo do que você quer.