Existem muitas coisas que podem afetar o desempenho do disco. Algumas versões mais antigas do Ubuntu têm um bug conhecido relacionado ao alinhamento da partição, que pode discos dramaticamente lentos com setores 4k. Se esse for o seu problema, talvez seja necessário realinhar sua partição com um disco de recuperação.
Você também pode considerar executar alguns testes de tempo, apenas para ver qual é a sua taxa de transferência. Por exemplo:
$ sudo hdparm -Tt /dev/sda1
/dev/sda1:
Timing cached reads: 15940 MB in 2.00 seconds = 7976.89 MB/sec
Timing buffered disk reads: 324 MB in 3.01 seconds = 107.55 MB/sec
Por fim, verifique o wiki de compatibilidade de hardware para garantir que sua placa-mãe e disco rígido sejam totalmente compatíveis. Por exemplo, meu sistema não pode usar confiavelmente a porta USB 3.0 embutida na minha placa-mãe; coisas ruins acontecem se eu tentar. Se a sua placa-mãe ou disco rígido possui chipsets não compatíveis ou hardware escamoso, ou se o dmesg relatar problemas relacionados ao disco, então você pelo menos tem um lugar para começar.