Eu estava tendo o mesmo problema no Vim. Usando o seguinte em meu ~/.tmux.conf funcionou para mim depois de criar uma nova sessão do tmux:
set -g default-terminal "screen-256color"
Anexo I: Emacs simples.

AnexoII:Emacssobotmux.
As tonalidades das cores são diferentes e, mais importante, a diferenciação da cor de fundo é nula (por exemplo, veja o menu superior). Alguém se depara com isso?
Estou executando o tmux como tmux -2 , $TERM no tmux é screen-256color , estou usando color-theme-solarized dark no Emacs e Solarizado no iTerm2… um pouco confuso!