Se você criar outro repositório e puxar o ramo de notas para ele, então você pode trabalhar em seu ramo de notas no segundo diretório de trabalho
cd ~/project
git checkout notes
git clone ~/project ~/project-notes
cd ~/project-notes
Depois disso, você pode editar suas anotações no diretório ~/project-notes
e editar os arquivos no diretório ~/project
. Simplesmente puxe o branch de notas de volta para ~/project
ocasionalmente.