O NTFS é um sistema de arquivos de registro no diário, o que significa que o SO registra em um arquivo especial tudo o que está prestes a fazer em uma unidade antes de executá-lo. Isso é usado para melhorar a consistência do sistema de arquivos, mas é muito ruim para a memória flash, pois a adição de um pequeno trecho de diário requer leitura, apagamento e gravação de um bloco inteiro no flash (geralmente 4KB).
Além disso, é muito mais complicado implementar do que o FAT e obtém menos suporte fora do mundo do Windows, portanto, os fabricantes de armazenamento normalmente formatam as unidades em FAT.
Você normalmente deve usar o FAT32 em drivers flash, a menos que você precise usar recursos NTFS como arquivos grandes, ACL, EFS, etc.