Por motivos históricos, as teclas de seta podem funcionar no modo "ANSI" ou "aplicativo". O vim usa o terminfo, que geralmente especifica o modo de aplicação para as teclas de seta.
Por algum motivo, você está fazendo algo para redefini-lo para o modo ANSI padrão. Você está, talvez, redefinindo o terminal enquanto ainda está no vim? Quando você pressionar ^ Z e, em seguida, fg novamente, o vim ativará novamente o modo de aplicativo.