Uma de 2,5 polegadas e 3,5 polegadas das mesmas especificações (mesmo número de bandejas e cache) teria o mesmo desempenho em teoria, embora eu suponha que o menor tamanho de disco do disco de 2,5 polegadas possa lhe dar uma vantagem marginal. Por outro lado, o seu verdadeiro gargalo seria a interface, já que tanto o usb quanto o firewire são lentos em comparação com o sata. Eu diria que o desempenho não será afetado pelo tamanho selecionado, e a interface usada será um fator maior.
Minha suspeita é que a pessoa pode estar se referindo ao fato de que os chips firewire lidam com interface de baixo nível se processando, e a USB a descarrega para a CPU e, supostamente, tem uma melhor velocidade real do que o USB.