Estes programas usam o método "close to taskbar" (estupidamente, eu acho). Se você desabilitar esta função no programa, ela deve permitir uma solicitação de fechamento, seja com alt-F4 ou pressionando o botão Fechar, para realmente fechar o programa.
No iTunes, vá para Editar - > Preferências, selecione a guia Avançado, desmarque os itens apropriados em relação à minimização na bandeja do sistema.