Não, esses avisos não são de todo prejudiciais à estabilidade do Ubuntu, Unity ou Compiz. Na verdade, a maioria dos avisos não afetará qualquer coisa : todos os avisos "obsoletos" estão dizendo que os padrões recomendam que as unidades sejam usadas nos arquivos CSS; o único aviso que pode afetar a aparência é o número 6, na linha 40 em unity.css
, sobre 'sahde'
sendo uma cor inválida.