Eu vejo apenas duas possibilidades de como isso pode acontecer:
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Se você tiver a configuração RAID-1 (espelhamento): ela foi interrompida em agosto, então você acabou com dois discos idênticos na época, mas apenas um (primário) estava em uso ativo. Agora você está usando uma segunda cópia (obsoleta), porque a primeira foi ruim ou por algum outro motivo.
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Houve uma reversão do ponto de restauração do sistema. Mas isso não deve afetar seus documentos, se eles foram salvos no local padrão. Por exemplo. se seus documentos estiverem em
C:\Program Files
, eles poderão ser excluídos juntamente com os programas recém-instalados.