Sim, você pode transferir programas eclipse do Ubuntu para o Windows e também o inverso. Para transferir arquivos do Windows para o Ubuntu você precisa exportar seu projeto do Windows e depois importar o projeto para o Ubuntu.
Exportando Arquivar-> Exportar > Geral- > Arquivo de arquivamento e marcar o projeto ou os arquivos (Todos os arquivos relacionados ao seu projeto devem estar marcados) que você deseja exportar e selecione onde você deseja salvar os arquivos e você também precisa nomear o arquivo. Agora você
Importando Arquivo - > Importar > Arquivar arquivo e selecionar o arquivo exportado do Windows. Em seguida, há um campo chamado Na pasta: aqui, você precisa selecionar o local da sua área de trabalho e clicar em terminar