Não tenho certeza, pela maneira como você formulou a pergunta, que existe uma resposta que poderia convencê-lo a manter o FTP ...
Dito isto, se você tivesse feito isso alguns anos atrás, eu teria dito que a falta de clientes de qualidade em relação aos do SFTP poderia ter me dado uma pausa.
O SFTP é tão seguro quanto o HTTPS, então não tenho certeza se a segurança é um fator decisivo.
Algumas corporações são paranoicas em manter seus dados em servidores sob seu controle; mas parece que você está perguntando sobre como configurar o armazenamento do zero, então talvez isso não seja uma consideração.