A coisa mais fácil de fazer, se o monitor tiver várias entradas de alta resolução, é conectar seu monitor a ambas as placas gráficas. Então, quando você precisar trocar sua exibição para sua outra VM, basta apertar o botão no seu monitor que muda a entrada que ele exibe; ou seja, DVI para DVI na sua caixa do Windows para uma placa gráfica, HDMI para HDMI na sua caixa linux para a outra placa gráfica. Substitua os conversores sempre que necessário (DVI para HDMI ou HDMI para DisplayPort, etc, dependendo das entradas do monitor e das saídas da placa gráfica). Então você pode usar algo como o Synergy para o seu controle de entrada.
Um switch KVM seria preferível a esse cenário, já que você poderia alterar a entrada de áudio, vídeo e teclado / mouse da VM para a VM com um simples atalho de teclado.