Isso pode ser porque o Chrome usa o disco rígido para armazenar tudo em cache - o que parece causar problemas ao instalá-lo em um pen drive (velocidades de gravação baixas) e discos rígidos irritantemente LOUD!
Isso foi relatado ao Google nessas questões
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Uma solução seria iniciar o navegador no modo Navegação Privada (no Cognito?), que não armazena nada em cache. se você pode viver sem histórico de navegador que é :). Veja se o disco rígido soa melhor neste modo