Na minha experiência, Reparar o VS 2010 irá reinstalar todas as DLLs da RTM. Então todas as suas atualizações estão perdidas. Depois de reparar o VS 2010, você precisará reaplicar o SP1.
E em relação às atualizações de segurança, o instalador do VS 2010 não desinstala as atualizações. Assim, você terá entradas em Programas e Recursos para as atualizações, mas as dlls reais podem ter sido substituídas pelas antigas.