Você precisa usar
xinput --create-master SecondKeyboard
para criar um teclado mestre separado e, em seguida, reconecte o segundo teclado ao novo mestre:
xinput --reattach "Keyboard Id" "Master Id"
Você usa os IDs de
xinput --list
Desta forma, os teclados são separados e podem ser tratados exclusivamente. Por exemplo. você tem dois focos, você pode escrever em dois aplicativos ao mesmo tempo com dois teclados e definir diferentes mapeamentos de teclas, especificando diferentes IDs mestres em coisas como setxkbmap.