Você está usando a opção -ep , que Exclude[s] paths from names . Se os caminhos não forem armazenados, todos os arquivos irão para a raiz.
Para que C:\Test seja tratado como a raiz do arquivo, você precisa executar a compactação de dentro do diretório.
Use isso:
C:\>cd Test
C:\Test>:: then, either
C:\Test>rar a "C:\File.zip" "*.*" "bin\*.*"
C:\Test>:: or
C:\Test>rar a "C:\File.zip" "*.*" "bin"