Eu sempre rolo com alcatrão ...
tar -cjf destination_archive_file.tar.bz2 /path/to/directory/to/archive
Isso daria a você um arquivo 'destination_archive_file.tar.bz2' com todo o conteúdo dentro de '/ path / to / directory / to / archive' armazenado.
Então, para extrair, basta usar:
tar -xjvf destination_archive_file.tar.bz2
Enfim, eu sei que você pediu descaradamente pelo zip, não pelo tar. Eu tentei zip algumas vezes e achei que fosse um pouco contra-intuitivo. Nunca me preocupei em realmente descobrir isso desde que eu tinha acabado de usar alcatrão e continuar com isso. Se você precisar extrair um tar no Windows, 7-zip ou winrar deve fazer o truque. Tenho certeza que o OSX suporta nativamente.