Precisa de um nome de arquivo ofuscado se estiver criptografado?
Você pode elaborar "Quaisquer locais de armazenamento recomendados?". Certamente depende do que você quer fazer com o (s) arquivo (s). Eu tenho meu contêiner TrueCrypt no Dropbox, então ele está disponível em todos os lugares que eu tenho TrueCrypt.
Para sua última pergunta, acho que é apenas um caso de ter cuidado. Escolha arquivos que provavelmente não serão removidos acidentalmente, mas ao mesmo tempo não escolha arquivos que possivelmente serão alterados no futuro, como arquivos de sistema.