O Windows 7 é totalmente multiencadeado como o Linux, portanto, o próprio Windows não é o motivo.
A explicação deve ser que a implementação do Windows do F @ H ficou para trás do Linux.
Eu tenho contribuído para o projeto Folding @ Home de Stanford por algum tempo com a maioria dos computadores que possuo.
Acabei de instalar o cliente Windows em uma nova máquina executando o Windows 7, mas veja que o processo F @ H só se liga a um núcleo da CPU. Isso é devido a ele ser executado no Windows? (Eu tenho a edição de 64 bits do Windows 7 instalado.)
No Mac e nas distribuições Linux de 64 bits, ele será executado em todos os núcleos de CPU disponíveis.