A razão para isso é que o Flash Player embutido tem o foco e recebe todos os comandos do teclado. Se você clicar fora do player e pressionar Cmd + R, a atualização funcionará como esperado.
Quando a web muda para o vídeo em HTML 5, esse problema desaparecerá! Até então, você só vai ter que viver com isso, eu tenho medo.