Se você puder tratar seu dispositivo como um dispositivo de armazenamento em massa USB, talvez seja possível usar .is_audio_player para enganar o Banshee a pensar que o seu dispositivo só suporta Ogg Vorbis (não FLAC). Se isso funcionar, o Banshee deverá transcodificar automaticamente suas músicas para esse formato toda vez que você sincronizá-lo.
Mas parece que o que você realmente quer é a opção de substituir as configurações de transcodificação do Banshee para o seu dispositivo. Isso está sendo rastreado como Bug 576722 . Muito trabalho já foi feito, mas a pessoa que contribuiu com o patch original não existe há alguns meses. Se alguém quiser ajudar, tenho certeza de que eles adorariam alguns voluntários para aperfeiçoar o teste e testá-lo.