Para responder às suas perguntas:
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Os conectores SATA controlados pela Southbridge Intel ICH10R oferecerão melhor desempenho do que o chip Gigabyte SATA2 (que na verdade é um controlador JMicron). Ou seja, você deve conectar seus discos rígidos a qualquer uma das portas de cor azul rotuladas como SATA2_0, SATA2_1, SATA2_2, SATA2_3, SATA2_4, SATA2_5. Além disso, como essas portas são nativas do chipset, você não precisará lidar com nenhum driver JMicron.
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Você deve definir o modo SATA como XHD, o que significa que as portas serão controladas pelo Intel RAID BIOS (mesmo que você não esteja implementando o RAID, não importa), o que habilitará automaticamente AHCI (essencial para SSDs) e oferece melhor flexibilidade e compatibilidade.
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O Windows 7 deve ser instalado no SSD para otimizar o desempenho. Programas que você usa com freqüência (por exemplo, navegadores, Office, etc.) também devem ser instalados no SSD para que eles sejam carregados rápido e rápido para você. Se você tem grandes programas / jogos para instalar que não cabem no SSD, então você deve instalá-los no WD 1TB Black HDD, já que a série Black tem um desempenho melhor do que o Green. Tudo o mais, como documentos, vídeos, fotos, etc., pode ir na unidade verde.